Pondok pesantren alkhoirot meskipun pondok pesantren salaf, kehadirannya dit engah-tengah masyarakat tidak kalah dengan pondok pesantren yang lain.  Karena pondok pesantren alkhoirot selalu mengadakan pembaruan yang sesuai dengan perkembangan zaman.

Pada tahun 2009 kemarin pondok pesantren berhasil mendirikan dua lembaga pendidikan formal yaitu MTs/MA Al-Khoirot, pada perkembangannya dua lembaga ini mendapat respon yang baik dari kalangan masyarakat karena kurikulum pendidikannya memisahkan peserta didik antara laki-laki dan perempuan, dan dalam tingkat prestasinyapun tidak kalah denagan madrasah lain yang tidak berstatus pesantren.

Dalam urusan sarana prasarana sudah mencukupi target, dengan artian fasilitas madrasah alkhoirot mendapatkan perhatian yang penuh untuk mencapai tujuan pembelajaran mulai dari gedung, sarana pembelajaran, sarana olah raga, sarana teknologi, dan lain-lain.

dalam masalah kesiplinan madrasah ini mendapat kritik yang tidak nyaman, para siswa sering berkeliaran dan tidak masuk kelas. Apa penyebabnya?????

Sebanarnya kalau masalah pengawasan sudah lumayan ketat, akan tetapi masalahnya berada di guru . Para guru banyak yang tidak aktiv sehingga para siswa banyak yang berada diluar kelas. Cenderung untuk berbuat kesenangan emang sewajarnya karena mereka anak-anak, dalam urusan ini kepala sekolah harus berperan dan bertindak tegas kepada pihak yang bersangkutan. Sekali lagi jangan salahkan siswa karena siswa masih kanak-kanak yang cenderung melakukan  kesenangan, karena masalahnya bukan berada di siswa akan tetapi berada di guru.